ドラマは、マンガ誌「メロディ」（白泉社）で掲載され、2012年に「文化庁メディア芸術祭」のマンガ部門優秀賞を受賞した清水玲子さんの「秘密−トップ・シークレット−」とスピンオフ作「秘密　season 0」が原作。脚本は、「アンフェア」シリーズや連続ドラマ「サイレーン　刑事×彼女×完全悪女」（同局系）、映画「陰陽師0」（2024年）などを手がけた佐藤嗣麻子さんが担当する。

科学警察研究所の法医第九研究室、通称“第九”が舞台で、第九の室長・薪剛（まき・つよし）を板垣さん、かつて第九メンバーで、ある事件で命を落とした鈴木克洋（すずき・かつひろ）と、その後、第九に配属される、鈴木とうり二つの新米捜査員・青木一行（あおき・いっこう）を中島さんが一人二役で演じる。

第1話は、驚異的な記憶力と鋭い洞察力を持つ薪剛（板垣さん）は、通称“第九”の室長に任命され、大学時代からの親友で副室長の鈴木克洋（中島さん）と共に、新たな任務に就くことになる。

第九では、凶悪・重大犯罪において被害者および犯人が死亡した際、その脳を特殊なMRIスキャナーにかけ、生前の記憶を映像化する「MRI捜査」を行う。脳科学者の貝沼清孝（國村隼さん）が開発したこの技術により、真相を明らかにできる可能性は高まったが、一方で倫理的な問題もあるため、第九は機密組織とされていた。

ある日、薪と鈴木は、警察庁長官の指示により、第九初となる死刑囚の脳を調べることになる。被告の露口浩一（光石研さん）は6年前に妻と次女、義母の3人を刺殺。長女の絹子（夏子さん）は殺害後に海に投棄したとされ、死刑が確定していた。しかし、露口のMRI映像には目を疑うような光景とともに、思いも寄らぬ事実が映っていた……。同じ頃、とある交番では20代の女性が保護された……と展開する。